故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当

一之濑海（齐藤壮马 配音）自幼就非常热爱钢琴这门乐器，是公认的天才钢琴少年一次偶然中，海在森林里发现了一架废弃的钢琴，只有海能够通过这架钢琴演奏出美妙的音乐。这架特殊的钢琴锻炼

空（松冈祯丞 配音）和白（茅野爱衣）是网络世界里人尽皆知的传奇人物，两人在虚拟的战斗中所向披靡，甚至被称为传说一般的存在然而，在现实世界中，兄妹两人却是连家门都不敢出的“御宅族

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所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的